Unter nachwachsenden Rohstoffen versteht man im allgemeinen kultivierte Pflanzen, die speziell für die Fermentierung angebaut wurden. Dabei kann es sich im Prinzip um jede kultivierte Pflanze handeln. Zur Zeit sind die beliebtesten NaWaRos Mais und Grassilage. Es eignen sich auch einige andere Futterpflanzen gut zum Einsatz, z. B. Getreideganzpflanzensilage sowie Futterrüben und Zwischenfrüchte wie Senf, Winterroggen und Raps. Der Methangehalt der gängigsten Früchte liegt in etwa zwischen 200 und 400 Litern pro Kilogramm oTm.
Bei der Entscheidung, welche Pflanze man verwendet, ist ein entscheidender Faktor die Flächenleistung der jeweiligen Pflanzenkultur, also Liter Methan pro Hektar. Abgesehen davon sind wirtschaftlich stark zu berücksichtigen die Aufwendungen für den Anbau, die Ernte und Lagerung sowie die Einbringung in den Fermenter und das anschließende Ausbringen des fermentierten Substrates. Diese Werte, gemeinsam mit dem Methanhektarertrag, ermitteln die wirtschaftlichste Pflanze für den Biogasertrag.
Noch eignet sich der Silomais besonders gut, und er ist auch mit Abstand die beliebteste Pflanze für die Biogasproduktion. Einige Gründe sind hierfür wahrscheinlich die einfachen und allgemein bekannten Produktionstechniken, der hohe Ertrag sowie die gute Silierfähigkeit und der hohe Biomasseertrag.
Ein weiterer zu berücksichtigender Faktor ist die Fruchtfolge. Für den effizienten Betrieb einer Biogasanlage ist es sinnvoll, möglichst eine Fruchtfolge zu wählen, die eine gleichmäßig über das Jahr verteilte Zufuhr von Rohstoffen, die einen möglichst hohen Biomasseertrag vorweisen können, gewährleistet.
Momentan befinden sich Züchtungen in der Entwicklung, die den üblichen erzielbaren Flächenmethanertrag auf etwa 8000 Kubikmeter Methan pro Hektar verdoppeln, und auch Züchtungen, die den Ganzjahresanbau erleichtern und die Fruchtfolgen auf ein größeres Fruchtartenspektrum erweitern. Eine derzeit noch häufig verwendete Fruchtfolge ist Vorfrucht: Winterraps, Winterroggen; Hauptfrucht: Mais, spätreif und massebetont Nachfrucht: Winterweizen.
Generell gilt: Falls die Rohstoffe auf gepachteten Feldern angepflanzt werden oder zusätzliche NaWaRos von anderen Landwirten bezogen werden, sollten die gepachteten Flächen oder die Lieferungen über einen Zeitraum von sechs Jahren vertraglich gesichert sein.