In der Regel wird in den meisten Biogasanlagen der Wirtschaftsdünger, der bei der Nutztierhaltung in Form von Flüssig- oder Festmist entsteht, zur Grundlage herangezogen. Da er ein Nebenprodukt der Landwirtschaft ist, verursacht er keine zusätzlichen Kosten.
Bei landwirtschaftlichen Biogasanlagen bildet, haltungsbedingt, meist Rinder- oder Schweinegülle das Grundsubstrat. Abgesehen von der praktisch kostenlosen Verfügbarkeit stabilisiert sie den Fermentationsprozess und kann Schwankungen in der Substratqualität ausgleichen. Zusätzlich wird der Wirtschaftsdünger benötigt, um die Mischfähigkeit des Substrates, durch Pumpen und Rührwerke beim Zufügen von Feststoffen, zu bewahren.
Die Methanausbeute ist bei Wirtschaftsdüngern im Verhältnis zu Kofermenten oder NaWaRos geringer. Sie schwankt zwischen 120 und 370 Litern pro Kilogramm organischer Trockenmasse (oTm). Hierbei wird die Rindergülle von der Schweinegülle übertroffen. Die Schweinegülle bietet einen höheren Methanertrag, aber erzeugt auch kleine Probleme. Da der Kupfer- und Zinkanteil fütterungsbedingt höher ist, muss darauf geachtet werden, dass die Schwermetallgrenzwerte eingehalten werden.
Den besten Methanertrag im Bereich des Wirtschaftsdüngers bietet der Hühnerkot, er ist jedoch etwas problematischer zu verwerten. Es können sich Sedimente im Fermenter ansammeln, und der Ammoniakgehalt kann kritisch hoch werden.
Hierbei ist der Gasertrag jedoch noch maßgeblich von dem jeweiligen Tierleistungsniveau abhängig, das auf dem Betrieb angesiedelt wurde und der Fütterungsintensität, die in der Landwirtschaft betrieben wird. Grundsätzlich gilt, dass die besten Ergebnisse bei mittlerer Tierleistung und gleichzeitiger ausgeglichener und ausgewogener Fütterung erzielt werden.
Allgemein gilt hierbei: Je schlechter die Tiere das vorgesetzte Futter verwerten, um so größer ist der Nährstoffgehalt des aus den Exkrementen resultierenden Substrates, was wiederum eine höhere Gasausbeute zur Folge hat.